I primi abitanti delle Isole Vergini furono gli Indios che sbarcarono su queste terre nel 1500, prima degli europei. Gli indios arano divisi in tre gruppi: i ciboney, gli arawak e i caribi.
Questi ultimi conquistarono l'isola prima dell'arrivo di Cristoforo Colombo nel 1493.
Fu proprio Colombo a dare il nome alle isole denominandole Las Vìrgenes, riferendosi alla leggenda di Sant'Orsola e delle 11.000 vergini trucidate dagli Unni a colonia.
Negli anni successivi ci sono stati diversi tentativi di conquista da parte degli inglesi, francesi, spagnoli e dei cavalieri di Malta, conclusisi in insuccessi.
Nel 1672 la Compagnia danese dell'india occidentale si insediò sull'isola di St. Thomas, nel 1694 occupò St. John, mentre nel1733, dopo aver ottenuto dai francesi l'isola di St.Croix congiunse le tre isole sotto il nome di indie occidentali danesi, nonché le trasformò in uno dei maggiori produttori di zucchero dell'intera regione.
Questa industria faceva leva sulla schiavitù si pensi che nel 1797, su 30.000 abitanti della città di Charlotte Amalie, 25.500 erano schiavi.
A seguito della soppressione della schiavitù avvenuta nel 1848, si verificò la caduta delle Indie occidentali danesi causata non solo dall'amento del costo della manodopera ma anche dalla siccità e dagli uragani.
Dell'importanza strategica delle isole di St. Thomas e St. John, dovuta alle profondità delle loro acque, se ne accorsero gli Stati Uniti che chiesero l'acquisto delle stesse per un valore di 7.5 milioni di dollari;la richiesta però venne respinta dal senato.
Gli Stati Uniti acquistarono questo territorio al prezzo di 25 milioni di dollari, solo dopo lo scoppio della prima guerra mondiale, quando queste isole divennero un punto strategico americano per il controllo del bacino caraibico e del canale di Panama.
Per ben 14 anni le Isole Vergini Americane rimasero sotto la giurisdizione della Marina americana e solo nel 1970 raggiunsero la loro indipendenza.
La struttura dell'economia locale venne modificata a partire dagli anni '50 quando i costi vantaggiosi dei viaggi aerei portarono un flusso di turisti nelle isole.