L'isola portoricana ha una forma rettangolare ed è schiacciata tra l'isola di Hispaniola (Haiti) e i piccolissimi arcipelaghi delle isole sottovento.

È bagnato a nord dall' Oceano Atlantico e a sud dal Mar dei Caraibi. La superficie dell'isola è di 175 km per 56 km; nella parte centrale è attraversata dalla frastagliata Cordillera Central, che ha come vetta più alta i 1340 m del monte Cerro la Punta.

Le piccole isole di Vieques e Culebra (a est) e Mona (a ovest) sono parte del territorio del Portorico.

Nella zona nord-orientale di Portorico vi è la foresta pluviale di El Yunque, al suo interno prosperano uccelli, rettili e piante.

Tra gli alberi più ricchi di fronde c'è lo yagrumo humbra, che vive per mesi in forma di arbusto prima di crescere molto velocemente. Gli alberi che vivono sotto il baldacchino formato dalla foresta sono l'ausubo e il tabonuco.

Spostandosi verso sud il territorio diventa arido e roccioso, fino a incorporare ambienti come la Foresta Arida di Guanica, caratteristica per il clima sia arido sia costiero e tropicale. In questa foresta prosperano file di mangrovie nei pressi della costa, mentre nell'entroterra crescono i cactus e altre piante grasse.

Il simbolo dell'isola è la rana denominata anche coquis.

Il clima dell'isola è caratterizzato da temperature che oscillano tra i 24 e i 30°C. Di solito, durante la stagione degli uragani, che va da maggio a novembre, le temperature sono un po' più alte e il clima è più umido e ventoso rispetto al resto dell'anno.